正因為聚丙烯酰胺凝膠有突出的優點，所以四十年來獲得廣泛的應用，目前尚無更加好的支持物質能代替它。其關鍵的優勢有：
①能夠隨意把持膠粘稠度"T"和交聯度"C"，因而擁有不相同的的有成效孔徑，用做分開不同分子量的生物大分子。
②能把分子篩作用和電荷效應結合在相同技術中，達到更高的靈敏度：10-9 ～10-12 mol/L。
③正因為聚丙烯酰胺成膠是由-C-C-鍵結合的酰胺多聚物，側鏈隻能不活潑的酰胺基-CO-NH2 ，沒有帶電的其他離子極性，化工惰性好，電泳時不易產生"電滲"。
④因為可以生產製得高含量的單體生產用原材料，因此電泳分開的重複性能好。
⑤透明度好，便於照相和複印。機械強度好，有彈性，不易碎，方便控製和保管。
⑥無紫外吸收，不染色就可以用做紫外波長的凝膠掃描作定量分析。
⑦還可以用作固定化酶的惰性載體。